一、EMBL数据库简介
EMBL(European Molecular Biology Laboratory)数据库是欧洲分子生物学实验室创建的一个综合性分子生物学数据库,为全球的分子生物学和生物信息学研究工作提供了宝贵的资源。该数据库汇集了全球各类生物信息学数据资源,包括新型DNA和RNA序列、蛋白质分析、基因注解、同源比较、疾病关联等多种类型信息。
EMBL数据库系统提供了一批网站、工具和数据,赋予了研究人员直接访问数据、分析数据和发布数据的能力。研究人员可以通过EMBL-EBI(European Bioinformatics Institute)网站进行访问和查询。
二、EMBL数据库分类
EMBL数据库包含多个服务,主要包括:
1. EMBL核苷酸序列数据库
EMBL核苷酸序列数据库收集和存储全球所有已知的DNA和RNA序列资料,其中包括完整基因组序列、代表序列、EST及同源物种的序列比较。
2. EMBL蛋白质序列数据库
EMBL蛋白质序列数据库是一个全球性的蛋白质序列数据集合。它从全球范围内收集所有的已知的蛋白质序列,包括序列和结构相关信息,并作为工具资源提供给科研人员,鼓励蛋白质科学和结构分析等方面的研究。
3. EBI基因注释数据库
EBI基因注释数据库(EBI Annotation)主要为研究生物的基因组结构及其调控提供系统化的信息服务。该数据库主要收录了全球范围的基因结构、注释、同源比较、功能注释和基因表达等数据,为研究生物的基因组学、分子生物学和生物信息学奠定了基础。
4. EMBL-EBI综合数据库
EMBL-EBI综合数据库主要是以EMBL为基础,将来自国内外的各类分子生物学数据库集合在一起,为全球各地的科研人员提供便捷的数据查询和访问服务。其中包括各种蛋白质、DNA和RNA序列,基因注释、结构、功能和交互数据等。
三、使用EMBL数据库进行数据搜索
搜索EMBL数据库需要使用研究人员的EMBL-EBI账户,才能访问和操作数据。
1. 针对EMBL核苷酸序列数据库的搜索方法
EMBL核苷酸序列数据库的搜索方法包括简单搜索和高级搜索两种方式。研究人员可以使用EMBL-ID、序列关键字、基因符号、基因组名称、物种名称等信息对目标序列进行查询。
// 简单搜索 http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?ql=EMBL&id=uniprot&q=Q9NBT2&submit=
// 高级搜索 http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=nucleotide-sequence&requestFrom=searchform&text=infliximab&field=text&page=1
2. 针对EMBL蛋白质序列数据库的搜索方法
EMBL蛋白质序列数据库的搜索方法也是包括简单搜索和高级搜索两种方式。研究人员可以使用蛋白名称、蛋白关键字、序列突变、结构域和短语等信息对目标蛋白质进行查询。
// 简单搜索 http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=protein-sequences&requestFrom=searchform&type=text&field=text
// 高级搜索 http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?seeAlso=dbcode:PSIQUIC&facetContent-type=protein&start=0&facetStrain=human&text=myc
3. 针对EBI基因注释数据库的搜索方法
EBI基因注释数据库的搜索方法是基于主题的。研究人员可以使用基因名称、基因型号、生物种类、数据库来源和基于序列内容的搜索策略等信息对目标基因进行查询。
// 基于主题的搜索 http://www.ebi.ac.uk/QuickGO/GTerm?id=GO:0005634
四、结语
EMBL数据库在全球范围内拥有世界上最完整、最全面的分子生物学和生物信息学数据资源,它为所有的生物学研究人员提供了一个优秀的网络平台。这个平台涵盖了各方面的生物学信息和工具,帮助研究人员快速而准确地进行各种生物学研究,并对人类以及整个生物世界的发展作出重要的贡献。