11号-15号道路12号道路的屋子里可以得到优质钓竿，一路上训练师很多，慢慢打，通过后来到浅红市。
セキチクシティ浅红市
原来的狩猎场如今变成PAL公园了，用于和GBA联动。这里的道馆是毒属性的，机关为透明墙外加假馆主，真正的馆主是从下往上数第2个人，其他人只要不对话就不会开战。顺便说一句，这个馆主她是四天王阿桔的女儿。胜利后获得徽章和TM84毒刺。
馆主アンズ阿杏
LV47叉子蝠
LV44双弹瓦斯
LV47大蜘蛛
LV50末入蛾
LV47大蜘蛛
ニビシティ尼比市
回到枯叶市，穿过地鼠洞和2号道路来到尼比市，和右侧出口高地上的老人对话可以获得银色的羽毛。（银魂则是七色羽毛）这里的道馆是岩石系，小刚同学没啥变化还是老样子。胜利后得到徽章和TM80岩崩。
馆主タケシ小刚
LV51走路岩
LV53多刺菊石兽
LV52镰刀盔
LV51铁甲犀牛
LV54大岩蛇
トキワシティ常磐市
穿过常磐森林来到常磐市，这里的馆主并不在，看门的大爷说让我们去真新镇找找看。原来和复制人对战的地方依然存在，不过现在需要和计步器联动，暂时搁置。
マサラタウン真新镇
从常磐市穿越1号道路终于到了传说中的真新镇，可以去调戏下小智的妈妈和小茂的姐姐XD，不过最重要的还是去看望大木博士。
21号水道
从真新镇向下穿过21号水道抵达红莲岛。
ふたごじま红莲岛
和蹲墙角的小茂对话，他看你只有6枚关东徽章，于是不接受你的挑战，没办法继续前进吧。
22号水道
从红莲岛向右穿过22号水道抵达双子岛。
ふたごじま双子岛
从右下的入口进入，上楼梯便是从红莲岛搬家过来的红莲道馆，属性为火。这里的机关是训练师本身，和训练师对话后开始战斗，打赢后，他会向后退一步，自习观察从哪个方向挑战哪些训练师吧。夏伯同学放弃假发改帽子了……胜利后获得徽章和TM50燃烧殆尽。
馆主カツラ夏伯
LV54熔岩蜗牛
LV54鸭嘴火龙
LV59烈焰马
ふたごじま红莲岛
现在已经7枚徽章了，回去红莲岛找小茂，他答应我们在常磐道馆的挑战。
トキワシティ常磐市
常磐道馆没有明确的属性，所以请提高队伍的整体实力吧。同样，因为小茂同学也曾经短暂的当过一段冠军，所以也要把身后的精灵收起来。这里的机关是老掉牙的地板传送，先走最右侧的红色，然后左走2格、上走2格、右1格上1格、右走2格、右走2格。为了最后一枚徽章，开战吧！胜利后获得徽章及TM92欺骗空间。
馆主グリーン小茂
LV55椰蛋树
LV52鲤鱼龙
LV56怪力
LV58铁甲暴龙
LV58风速犬
LV60比雕
刚出道馆门，就接到大木博士的电话，说要送礼物，于是快去真新镇吧。
マサラタウン真新镇
和大木博士对话获得HM08攀岩，同时大木博士也给了我们去白银山的许可。
シロガネやま白银山
飞去精灵联盟26号路的路口，进门左拐穿过28号路来到白银山。深处遇到小智，开战……和旧版不同的是他在外面吹雪花……
レッド（注意天气是冰雹……）
LV88皮卡丘
LV84喷火龙
LV80乘龙（雪天之下非常变态）
LV84水箭龟
LV82卡比兽
LV84妙蛙花
战胜后，小智就消失了……进入真通关画面……
战胜小智后再次回到真新镇大木博士处可以从关东御三家里选一只，即小火龙、妙蛙种子、杰尼龟。不过你身上要留个空位。
另外华兰市洞穴前的挡路人不见了，华兰洞深处可以抓超梦70级……
至此，剧情攻略完全结束，请期待后面即将开始挖掘的神兽剧情。