准备工作
设置工作目录,用pymol去除水分子,分离蛋白和小分子,得到各自的pdb文件。
如果是预测得到的蛋白pdb,那就直接拿来用咯,如果是已知结构可从pdb数据库下载。需要分离或者查找到小分子的3d结构。推荐的网址:https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/5365872#section=Top)
第一步:准备坐标文件pdbqt)
pdbqt是AutoDock 特定的坐标文件格式,包括:
1)极性氢原子;
2)局部电荷;
3)原子类型
4)柔性分子的节点信息
因此,将蛋白和小分子各自导出为pdbqt文件:
蛋白:加氢、计算电荷、添加原子类型
小分子:加氢、计算电荷、确定root扭矩中心),选择可旋转的键。
注意:小分子作为配体,它的读取和导出都在Ligand菜单进行。
第二步:Grid
利用 AutoDockTools 创建 grid 格点参数文件GPF),主要是设置gridbox的中心坐标和大小。
运行autogrid,工作目录会多出一个glg文件和一些mapping文件。
第三步:docking
在 AutoDockTools 中生成对接参数文件DPF),包括算法和对接参数。
运行autodock,工作目录会多出一个dlg文件。
第四步:分析对接结果-Analyze
使用 AutoDockTools 分析对接结果dlg文件,选择最好的导出为pdbqt,再转换为pdb格式。